A história do Barroso começa em 1919, e tem uma relação íntima com o mar e os rios que abraçam Itajaí. O Clube foi fundado no dia 11 de maio, em reunião no “Grande Hotel” com cerca de 40 sócios para a prática do remo.
O surgimento do Almirante partiu de uma desavença com seu irmão um pouquinho mais velho, o Marcílio Dias. Parte dos sócios não concordava com a eleição da Madrinha dos dois primeiros barcos, chamados “Yara” e “Yarê”. A votação que terminou em empate entre Marieta de Moro e Virgínia Fontes, acabou pela escolha da primeira candidata e a demissão de quase metade dos sócios.
A pedra fundamental da primeira sede foi lançada exatamente no dia 29 de junho de 1919 e era localizada na Rua Pedro Ferreira. A inauguração aconteceu pouco depois, em 1920, onde os atletas se reuniam para confraternizações e práticas esportivas. A competente equipe de remo ficou no topo dos campeonatos estaduais nos anos de 1920, 1921, 1927 e 1928.
O início do futebol profissional foi no ano de 1949 quando foi feita uma fusão com o time do Lauro Müller (que havia sido campeão estadual em 1931). Com a inauguração do Estádio Camilo Mussi, em 1956, atletas profissionais e amadores passaram a jogar no Barroso, que já estava com nova sede, Agora na Rua Almirante Barroso, no Centro.
O Barroso sagrou-se campeão municipal em 1959 e vice-campeão estadual em 1963. Em 1972 o Barroso encerrou as atividades no futebol profissional cumprindo a missão de revelar jogadores como o goleiro Diogo e o lateral esquerda Alvacir, ambos vendidos para o Corinthians, além de jogadores convocados para a seleção catarinense como Nelinho, Elio, Deba, Mima e Godeberto. A partir daí dedicou-se aos campeonatos internos para sócios, que até hoje está entre os mais tradicionais da região.
No dia 03 de março de 2016, as diretorias do Almirante Barroso junto ao Sport Clube Litoral confirmaram uma parceria, onde o Litoral assumiu a parte administrativa do time de futebol com o nome do Clube Náutico Almirante Barroso, para jogar a Série B do Campeonato Catarinense e retomar tanto as atividades do futebol profissional quanto o carinho do torcedor e do sócio barrosista.